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システム
ストーリーモード [編集] 『ウルトラギャラクシー大怪獣バトル』から25年後、ZAP SPACYの隊員としてに異常な時空波が感知された惑星「モーン・スター」の調査に降り立ったプレイヤーは機体の操縦不能によって不時着してしまい、修理の為の部品を捜しに外に出ると三つのウインドウに怪獣の画像が映る謎の機械「バトルナイザー」を拾う。その直後に突然出現した古代怪獣ツインテールに襲撃され、絶対絶命の瞬間、バトルナイザーが発動して光の中から古代怪獣ゴモラが現れ、勝利する。そして宇宙船の修理を進めつつ惑星の謎に迫るプレイヤーはモーン・スターを舞台としたレイオ二クスバトルに否応なく参加する事となる。 エピソードを選択 選択エピソードによってデモムービー内容が変わる。 デモムービー デモムービーの内容によって敵怪獣チームの内容が決定。 バトル準備 デモムービーの内容に沿ったクリア条件が提示される。 バトル開始 敵怪獣と自分の怪獣のバトルとなる。敵怪獣を倒すとクリアとなり、倒した怪獣を自分が召喚可能になる。
レイオニクス（RB）
ZAP隊員 （プレイヤー） ZAP SPACYのルーキーで「スペースペンドラゴンMk-II」のパイロット。自分のゴモラに名前を付ける程の怪獣好き。持ち前の知識と戦術で数々の苦難を乗り越える。 宇宙忍者 バルタン星人 「拙者・・・」「・・・ござる」と言う時代劇的な喋り方のＲＢ。プレイヤーと三度対決する。一度目は透明怪獣ネロンガを使って奇襲をかけ、二度目はパワードバルタン星人二人を引き連れバルタン星人三人衆として襲いかかり、三度目は超改造レイキュバスを切り札として戦い、プレイヤーを最強のレイオニクスと認め、姿を消した。 凶悪宇宙人 ザラブ星人（声：不明） プレイヤーの事を「兄弟」と呼ぶ。友好的な素振りを見せて奇襲をかける卑怯な性格。超古代怪獣ゴルザを使役する。プレイヤーのバトルナイザーにセーブされるが、解放された後に四次元怪獣ブルトンの力で街を消滅させようとし、ネオカオスダークネスと共に勝負を挑む。これがこのストーリーでのプレイヤー最後のレイオニクスバトルとなる。 炎魔戦士 キリエロイド ブルトンの力を使ってプレイヤーのモンスロードを封じた。レイブラッドの力で神聖な宇宙の秩序を作ると意気込む。 地獄星人 ヒッポリト星人（声：塩屋浩三） 自らを「地獄のレイオニクス」と呼ぶ。ヒッポリトタールでプレイヤーに奇襲をかける。ＲＢだがモンスロードせず自分で戦った為、使役怪獣は不明。 邪悪宇宙生命体 ワロガ 自称「最強のレイオニクス」。暴君怪獣タイラントを使役する。自身満々で勝負するも、異次元空間から脱出しようと本気で暴れたプレイヤーに彼方にまで跳ばされる。 悪質宇宙人 メフィラス星人（声：加藤精三） 最強のレイオニクス。真に最強となる為にモーン・スターの歪んだ次元から怪獣達を呼び寄せた事件の黒幕。数多くのRBを破り続け、使役怪獣は999体まで存在する。プレイヤーの力を認めレイオニクスバトルを挑む。EXタイラント（デスボーン）、EXレッドキングを呼び出す。最後はプレイヤーのバトルナイザーに潔くセーブされた。彼が触れていた歪んだ次元には強大な怪獣達と共に恐るべき禁忌が封印されていたがそれを承知で行っていたかは不明。通常のメフィラス星人よりバトラー能力が強化されている。 このストーリーにはキール星人のような宿敵が登場しないが物語の流れやメフィラス星人の様々な暗躍から彼がプレイヤーにとっての宿敵と考えても良い。また、他にも幾度も対決する事となる星人達がいる。 レイモン（声：南翔太） 「ウルトラギャラクシー大怪獣バトル」の主人公。プレイヤーを助ける為に原始怪鳥リトラ(S)を送ったが封印された存在によって暴走し、彼のもとを離れてしまう。（しかしプレイヤーによって正気に戻り、バトラーとなる）後にモーン・スターを脱出したプレイヤーの前に現れ、この先も戦い続けられるか見定める為にレイオニクスバトルを挑む。ドラマ同様、ゴモラとエレキング（エレキングはキール星人グランデとの戦いで消滅した為、再生か別個体かは不明）を使役する。「これからもその力を、正義の為に使ってくれ」と言い残して姿を消す。今作ではアーケード版に先駆けて、全身を光に変える事で巨大化し、自身も直接戦闘に参加する姿を見せている。